UIN SUNAN KALIJAGA MEMPUNYAIO FASILITAS YANG CUKUP MEMADAI DAN BANYAKNYA FAKULTAS YANG TELAH DI BUKA BUKAN HANYA TENTANG KEAGAMAAN TETAPI NJUGA ILMU-ILMU YANG LAINNYA,  FAKULTAS YANG ADA DI UIN SUNAN KALIJAGA YAITU

1. fakultas sain dan teknologi
2. fakultas tarbiyah
3. fakultas syariah
4. fakultas adab
5. fakultas ushuluddin
6. fakultas dakwah
7. fakultas soshum

banyak orang yang tidak mengetahui hal tersebut, sehingga pandangan orang-orang diluar hanya menganggap uin sunan kalijaga adalah universitas yang jurusannya hanya menyangkut agama saja.